Do ostatecznej aprobaty Naczelnika zastrzeżone jest:
- wnioskowanie do Dyrektora Izby o zatwierdzenie i nadanie Urzędowi Skarbowemu Regulaminu organizacyjnego, a także o zmianę Regulaminu organizacyjnego,
- wydawanie, zmiana i uchylanie decyzji, wewnętrznych procedur postępowania i innych dokumentów o charakterze organizacyjnym skierowanych do obsługujących go pracowników,
- zajmowanie stanowiska w sprawach dotyczących stosunku pracy pracowników, tj. zmiany warunków pracy i płacy, rozwiązania stosunku pracy, przeniesienia służbowego, na zasadach określonych w ustawie o KAS,
- udzielanie pisemnych upoważnień poszczególnym pracownikom do załatwiania spraw w imieniu Naczelnika, w tym także do wydawania decyzji i postanowień,
- przekazywanie skarg na działanie Naczelnika i Urzędu Skarbowego do Izby,
- podejmowanie decyzji w sprawie wyłączenia pracowników od załatwiania spraw,
- udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzonych w Urzędzie Skarbowym,
- składanie sprawozdań i informacji centralnym organom administracji państwowej, jednostkom samorządu terytorialnego, Rzecznikowi Praw Obywatelskich, Rzecznikowi Małych i Średnich Przedsiębiorców, posłom, senatorom, sądom, prokuraturze oraz udzielanie informacji dla prasy, radia, telewizji i mediów elektronicznych,
- podpisywanie korespondencji kierowanej do Ministra i Ministerstwa, Szefa KAS oraz innych izb administracji skarbowej,
- występowanie do banków i innych instytucji finansowo – kredytowych o udzielenie informacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonywanych operacjach,
- podpisywanie postanowień w sprawie przedłużenia terminu zwrotu podatku,
- podpisywanie postanowień w sprawie wyznaczenia nowego terminu załatwienia sprawy,
- podpisywanie imiennych upoważnień do przeprowadzenia kontroli podatkowej oraz postanowień o przedłużeniu terminu zakończenia kontroli,
- udzielanie pełnomocnictw dla radcy prawnego i pracowników do reprezentowania Naczelnika przed sądami powszechnymi i organami orzekającymi,
- akceptacja nadpłat w podatkach dochodowych oraz zwrotów w podatku od towarów i usług powyżej kwot określonych w imiennych upoważnieniach,
- podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w innych sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom komórek organizacyjnych,
- rozstrzyganie sporów kompetencyjnych między komórkami organizacyjnymi Urzędu Skarbowego.