Do kompetencji Naczelnika Urzędu należy:
- ogólne kierownictwo i nadzór nad pracą pracowników;
- ustalanie strategii i kierunków działania Urzędu Skarbowego;
- podejmowanie decyzji w sprawach wymagających współpracy z organami administracji rządowej i samorządowej, izbami skarbowymi, urzędami kontroli skarbowej, organami ścigania i wymiaru sprawiedliwości;
- proponowanie rozstrzygnięć w sprawach organizacji i funkcjonowania Urzędu Skarbowego, w szczególności:
a) struktury organizacyjnej,
b) organizacji pracy i bieżącego funkcjonowania Urzędu Skarbowego,
c) określania zadań, uprawnień i odpowiedzialności komórek organizacyjnych Urzędu Skarbowego oraz ich kierowników, - ustosunkowywanie się do skarg i wniosków na działanie Urzędu Skarbowego oraz sposobu wykonywania obowiązków służbowych przez pracowników;
- udzielanie imiennych pełnom ocnictw i upoważnień do działania w imieniu Naczelnika Urzędu lub Urzędu Skarbowego w określonych w tych pełnomocnictwach i upoważnieniach sprawach.