Do kompetencji Naczelnika należą w szczególności:

1.  wnioskowanie do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej o powołanie oraz odwołanie Zastępcy Naczelnika Urzędu Skarbowego;
2. udzielanie pisemnych upoważnień poszczególnym pracownikom do załatwiania spraw w imieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego, w tym także do wydawania decyzji i postanowień oraz podpisywania zaświadczeń wynikających z zadań organu podatkowego i egzekucyjnego;
3. regulowanie i ustalanie przebiegu realizacji zadań oraz związanego z tym obiegu dokumentów w Urzędzie Skarbowym w drodze wewnętrznych procedur postępowania i innych dokumentów o charakterze organizacyjnym skierowanych do obsługujących go pracowników;
4. przekazywanie skarg na działanie Naczelnika Urzędu Skarbowego do Izby Administracji Skarbowej;
5. podejmowanie decyzji w sprawie wyłączenia pracowników od załatwiania spraw;
6. udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzanych w Urzędzie Skarbowym;
7. podpisywanie imiennych upoważnień do kontroli podatkowej;
8. występowanie do banków i innych instytucji finansowo-kredytowych o udzielenie informacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonywanych operacjach;
9. udzielanie pełnomocnictw dla pracowników obsługujących Naczelnika Urzędu Skarbowego do reprezentowania Naczelnika Urzędu Skarbowego przed sądami powszechnymi i innymi organami orzekającymi;
10. podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w innych sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom;
11. w zakresie spraw podatkowych:
    a) wydawanie decyzji w zakresie udzielania ulg,
    b) wydawanie decyzji i postanowień w wyniku uwzględnienia w całości wniesionych środków odwoławczych,
    c) wydawanie poleceń odpisu przedawnionych zaległości podatkowych;
12. wydawanie postanowień w zakresie umorzenia kosztów egzekucyjnych;
13. podpisywanie zawiadomień o wykreśleniu z urzędu podatnika z rejestru jako podatnika podatku VAT;
14. podejmowanie decyzji o skierowaniu do Generalnego Inspektora Informacji Finansowej informacji o przypadkach prania pieniędzy lub finansowania terroryzmu;
15. rozstrzyganie sporów kompetencyjnych między komórkami organizacyjnymi Urzędu Skarbowego.