Do kompetencji Naczelnika należą w szczególności:
- wydawanie, zmiana i uchylanie wewnętrznych procedur postępowania i innych dokumentów o charakterze organizacyjnym;
- udzielanie pisemnych upoważnień poszczególnym pracownikom do załatwiania spraw w imieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego lub Urzędu Skarbowego, w tym także do wydawania decyzji i postanowień wynikających z zadań organu podatkowego i egzekucyjnego;
- przekazywanie skarg na działanie Urzędu Skarbowego do Izby Skarbowej;
- podejmowanie decyzji w sprawie wyłączenia pracowników od załatwiania spraw;
- udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzonych w Urzędzie Skarbowym;
- występowania do banków i innych instytucji finansowo - kredytowych o udzielenie informacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonywanych operacjach;
- podpisywanie imiennych upoważnień do kontroli podatkowej oraz postanowień o przedłużeniu terminu zakończenia kontroli;
- udzielanie pełnomocnictw dla radcy prawnego i pracowników do reprezentowania Naczelnika Urzędu Skarbowego lub Urzędu Skarbowego przed sądami powszechnymi i organami orzekającymi;
- podejmowanie decyzji i składanie oświadczeń woli wynikające z dyspozycji art. 58 ustawy o finansach publicznych w sprawach umorzeń, odroczeń i rat udzielanych dla spłaty należności wyłączonych z regulacji Ordynacji Podatkowej;
- podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w innych sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom;
- rozstrzyganie sporów kompetencyjnych między komórkami organizacyjnymi Urzędu Skarbowego.