Do wyłącznych uprawnień Naczelnika Urzędu zastrzeżone są następujące sprawy:

1. podpisywanie wewnętrznych procedur postępowania i innych dokumentów o charakterze organizacyjnym skierowanych do obsługujących go pracowników;
2. udzielanie pisemnych upoważnień Zastępcy Naczelnika, kierownikom komórek organizacyjnych i pracownikom do załatwiania spraw w imieniu organu Naczelnika Urzędu Skarbowego lub Urzędu Skarbowego, w tym także do wydawania decyzji i postanowień wynikających z zadań organu podatkowego, organu egzekucyjnego oraz organu postępowania przygotowawczego w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe;
3. udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzonych w Urzędzie;
4. podpisywanie sprawozdań i informacji z działalności Urzędu przedkładanych Dyrektorowi Izby Skarbowej w Bydgoszczy, Ministrowi Finansów oraz właściwym organom;
5. podpisywanie korespondencji kierowanej do Ministra Finansów, Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, Generalnego Inspektora Informacji Finansowej, urzędów kontroli skarbowej, centralnych organów administracji państwowej, prokuratur oraz organów bezpieczeństwa państwa;
6. podpisywania żądań sporządzenia informacji przez banki, domy maklerskie, fundusze powiernicze i towarzystwa funduszy inwestycyjnych w zakresie określonym w ustawie Ordynacja podatkowa;
7. podpisywanie odpowiedzi na wniosek o udzielanie informacji publicznej – w zakresie informacji dotyczącej Naczelnika Urzędu jako organu władzy publicznej;
8. podpisywanie decyzji i postanowień z zakresu odroczeń terminów prawa podatkowego,poboru podatków, zwolnień płatnika z obowiązku pobrania podatku lub zaliczek, umorzeń i rozłożeń na raty należności i zaległości podatkowych;
9. zatwierdzanie planu kontroli podatkowych;
10. ustalanie kar wnioskowanych przez Urząd w postępowaniu przed sądem powszechnym oraz wysokości kar grzywien wymierzanych w prowadzonych przez Urząd postępowaniach karnych skarbowych;
11. podpisywanie postanowień o wszczęciu i zakończeniu postępowania przygotowawczego;
12. podpisywanie wniosków o udzielenie zezwolenia na dobrowolne poddanie się odpowiedzialności przez sprawcę, aktów oskarżenia, wniosków o umorzenie lub warunkowe umorzenie postępowania, środków odwoławczych;
13. podpisywanie postanowień o odmowie wszczęcia postępowania oraz o umorzeniu postępowania;
14. akceptacja grzywien wynikających z ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji;
15. rozpatrywanie i ustalanie trybu postępowania w stosunku do dłużników o znacznych zaległościach podatkowych.