Do kompetencji Naczelnika Urzędu należą w szczególności:

1. przedkładanie Dyrektorowi Izby Skarbowej wniosku o zatwierdzenie i nadanie regulaminu organizacyjnego Urzędu Skarbowego oraz o jego zmianę,
2. przedstawianie stanowiska w sprawach organizacyjno-finansowych z zakresu prawa pracy wskazanych w ustawie o urzędach i izbach skarbowych,
3. wykonywanie zadań określonych w upoważnieniu Dyrektora Izby Skarbowej,
4. udzielanie pisemnych upoważnień poszczególnym pracownikom do załatwiania spraw w imieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego, w tym także do wydawania decyzji i postanowień,
5. składanie sprawozdań i informacji centralnym organom administracji państwowej, jednostkom samorządu terytorialnego, posłom, senatorom, sądom, prokuraturze,
6. przekazywanie skarg na działanie Urzędu Skarbowego do Izby Skarbowej,
7. udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzonych w Urzędzie Skarbowym,
8. podejmowanie decyzji w sprawie wyłączenia pracowników od załatwiania spraw,
9. podpisywanie imiennych upoważnień do kontroli podatkowej i postanowień o przedłużeniu terminu zakończenia kontroli,
10. występowanie do banków i innych instytucji finansowo-kredytowych o udzielenie informacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonanych operacjach,
11. podpisywanie korespondencji do Ministerstwa Finansów i innych urzędów centralnych, izb skarbowych i celnych, urzędów kontroli skarbowej, sądów, prokuratur i organów bezpieczeństwa państwa,
12. podejmowanie decyzji i składanie oświadczeń woli wynikających z dyspozycji art. 58 ustawy o finansach publicznych w sprawach umorzeń, odroczeń i rat udzielanych dla spłaty należności wyłączonych z regulacji ustawy ordynacja podatkowa,
13. wydawanie rozstrzygnięć w trakcie postępowania przygotowawczego w zakresie prowadzonych postępowań karnych skarbowych w tym kończących te postępowania,
14. podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska we wszystkich sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty Zastępcy Naczelnika, kierownikom komórek organizacyjnych lub osobie na jednoosobowym stanowisku,
15. udzielanie pełnomocnictw dla radcy prawnego i pracowników urzędu do reprezentowania Naczelnika Urzędu Skarbowego przed sądami powszechnymi,
16. zatwierdzanie planów pracy Urzędu Skarbowego i sprawozdań z ich wykonania, w tym planów kontroli źródłowych u podatników i płatników,
17. w zakresie sprawach podatkowych:
    a) podpisywanie decyzji wydanych w wyniku uwzględnienia w całości wniesionych środków odwoławczych,
    b) podpisywanie decyzji w sprawie ulg uznaniowych,
    c) podpisywanie decyzji orzekających o zabezpieczeniu,
    d) podpisywanie postanowień w zakresie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym,
    e) zatwierdzanie poleceń odpisu przedawnionych zaległości podatkowych,
    f) podpisywanie decyzji administracyjnych w zakresie podatków w granicach kwot wyższych niż wskazane w imiennych upoważnieniach dla Zastępcy Naczelnika lub kierowników komórek organizacyjnych,
    g) podpisywanie decyzji orzekających o kwocie zwrotu części wydatków poniesionych na zakup materiałów budowlanych związanych z budownictwem mieszkaniowym,
    h) podpisywanie decyzji stwierdzających nadpłatę w granicach kwot wyższych niż wskazane w imiennych upoważnieniach dla Zastępcy Naczelnika lub kierowników komórek organizacyjnych,
    i) akceptacja zwrotów podatku od towarów i usług w granicach kwot wyższych niż wskazane w imiennych upoważnieniach dla kierowników komórek organizacyjnych,
    j) akceptacja nadpłat w podatkach dochodowych w granicach kwot wyższych niż wskazane w imiennych upoważnieniach dla kierowników komórek organizacyjnych.
18. podpisywani potwierdzeń nadania NIP, decyzji o odmowie nadania NIP oraz decyzji o unieważnieniu lub uchyleniu nadanego NIP
19. wyrażanie stanowiska urzędu i w imieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego w sprawach realizowanych przez podległe komórki organizacyjne.