Do ostatecznej aprobaty Naczelnika Urzędu zastrzeżone jest:
1) przedkładanie Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej wniosku o nadanie regulaminu organizacyjnego Urzędu Skarbowego a także o zmianę regulaminu organizacyjnego;
2) wydawanie, zmiana i uchylanie decyzji, wewnętrznych procedur postępowania;
3) wnioskowanie do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej o powołanie oraz odwołanie Zastępcy Naczelnika;
4) udzielanie pisemnych upoważnień poszczególnym pracownikom do załatwiania spraw w imieniu Naczelnika Urzędu, w tym także do wydawania decyzji i postanowień;
5) składanie sprawozdań i informacji przedkładanych centralnym organom administracji państwowej, jednostkom samorządu terytorialnego, Rzecznikowi Praw Obywatelskich, posłom, senatorom, sądom, prokuraturze;
6) podejmowanie decyzji w sprawie wyłączenia pracowników od załatwiania spraw;
7) podpisywanie korespondencji do Ministerstwa Finansów, innych urzędów centralnych, izb administracji skarbowej, urzędów celno-skarbowych, prokuratur oraz organów bezpieczeństwa państwa, w zakresie nieobjętym upoważnieniami udzielonymi pracownikom.
8) udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzanych w Urzędzie;
9) podpisywanie imiennych upoważnień do kontroli podatkowej;
10) występowania do banków i innych instytucji finansowo - kredytowych o udzielenie informacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonywanych operacjach;
11) udzielanie pełnomocnictw do reprezentowania Naczelnika Urzędu przed sądami powszechnymi i organami orzekającymi;
12) podejmowanie decyzji i składanie oświadczeń woli wynikające z dyspozycji art. 58 ustawy o finansach publicznych w sprawach umorzeń, odroczeń i rat udzielanych dla spłaty należności wyłączonych z regulacji Ordynacji Podatkowej;
13) podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w innych sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom;
14) reprezentowanie Urzędu na zewnątrz;
15) rozstrzyganie sporów kompetencyjnych pomiędzy komórkami organizacyjnymi Urzędu;
16) zawiadamianie organów powołanych do ścigania przestępstw o popełnieniu przestępstw ściganych z urzędu ujawnionych w związku z działalnością Urzędu oraz przekazywanie do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy informacji o skierowanych do organów ścigania zawiadomieniach;
17) przedstawianie Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy i innym uprawnionym organom sprawozdań z działalności Urzędu;
18) dokonywanie podziału pracowniczych etatów planistycznych na poszczególne komórki organizacyjne Urzędu;
19) zatwierdzanie sprawozdań z wykonania zaleceń pokontrolnych i poinspekcyjnych;
20) akceptowanie projektów awansów, podziału premii i nagród;
21) zatwierdzanie sprawozdań dotyczących wyników pracy Urzędu;
22) wydawanie decyzji administracyjnych w zakresie nieobjętym upoważnieniami udzielonymi pracownikom.
Naczelnik Urzędu sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi komórkami organizacyjnymi:
Pion wsparcia (SNUW), w skład którego wchodzi:
Referat Wsparcia (SWW)
Pion poboru i egzekucji (SZNE), w skład którego wchodzą:
a) Dział Spraw Wierzycielskich (SEW),
b) Dział Egzekucji Administracyjnej (SEE),
c) Dział Rachunkowości (SER)
