Drugi Zastępca Naczelnika upoważniony jest do podejmowania rozstrzygnięć, podpisywania pism i zajmowania stanowiska we wszystkich sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, niezastrzeżonych w niniejszym regulaminie lub w odrębnych przepisach do ostatecznej aprobaty Naczelnika Urzędu.
Drugi Zastępca Naczelnika sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi komórkami organizacyjnymi:
Pion obsługi podatnika (SZNO), w skład którego wchodzi:
Dział Obsługi Bezpośredniej (SOB),
Pion orzecznictwa (SZNP), w skład którego wchodzą:
a) Dział Podatków Dochodowych i Podatku od Towarów i Usług (SPV),
b) Referat Podatków Majątkowych i Sektorowych (SPM),
c) Dział Podatku Akcyzowego i Podatku od Gier (SPA).