Do kompetencji Naczelnika należą w szczególności:

1. sprawy pracownicze pracowników świadczących pracę w komórkach organizacyjnych Urzędu Skarbowego w zakresie zadań objętych upoważnieniem udzielonym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy;
2. wydawanie postanowień i decyzji wynikających z zadań organu podatkowego
   i egzekucyjnego;
3. sprawy określone w przepisach Kodeksu karnego skarbowego dla finansowego organu postępowania przygotowawczego;
   1. zadania wynikające z odrębnych przepisów, których wykonywanie powierzono Urzędowi Skarbowemu lub Naczelnikowi Urzędu Skarbowego;
4. składanie sprawozdań i informacji przedkładanych, centralnym organom administracji państwowej, jednostkom samorządu terytorialnego, Rzecznikowi Praw Obywatelskich, posłom, senatorom, sądom, prokuraturze oraz udzielanie informacji dla prasy, radia i TV;
5. przekazywanie skarg na działanie Urzędu do Izby Administracji Skarbowej;
6. podejmowanie decyzji w sprawie wyłączenia pracowników od załatwiania spraw;
7. wystąpienia i odpowiedzi kierowane do Ministra Finansów, naczelnych i centralnych organów władzy i administracji państwowej, organów samorządu terytorialnegooraz organów bezpieczeństwa państwa;
8. udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzanych w Urzędzie;
9. podpisywanie imiennych upoważnień do kontroli podatkowej;
10. występowania do banków i innych instytucji finansowo- kredytowych o udzielenie informacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonywanych operacjach;
11. udzielanie pełnomocnictw dla radcy prawnego i pracowników Urzędu do reprezentowania Naczelnika Urzędu przed sądami powszechnymi i organami orzekającymi;
    1. rozstrzyganie sporów kompetencyjnych między komórkami organizacyjnymi urzędu;
12. podejmowanie decyzji i składanie oświadczeń woli wynikające z dyspozycji art. 58 ustawy o finansach publicznych w sprawach umorzeń, odroczeń i rat udzielanych dla spłaty należności wyłączonych z regulacji Ordynacji Podatkowej;
13. podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w innych sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom;
14. zawiadomienia o podejrzeniu popełnienia przestępstwa.