Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu jest:

1. organem Krajowej Administracji Skarbowej – zgodnie z postanowieniami art. 11 ust. 1 pkt 6 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej;
2. organem podatkowym - stosownie do postanowień art. 13 § 1 pkt 1 i 1a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa; 
3. organem postępowania przygotowawczego – w myśl postanowień art. 133 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 10 września 1999 r. – Kodeks karny skarbowy;
4. organem uprawnionym do prowadzenia postępowania przygotowawczego w sprawach o przestępstwa powszechne – zgodnie z postanowieniami art. 298 § 1 ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. – Kodeks postępowania karnego 

Do zadań naczelnika urzędu celno-skarbowego należy:

1. wykonywanie kontroli celno-skarbowej, z wyłączeniem kontroli, o której mowa w art. 54 ust. 2 pkt 9 ustawy o KAS;
2. ustalanie i określanie podatków, opłat i niepodatkowych należności budżetowych oraz innych należności na podstawie odrębnych przepisów;
3. rozstrzyganie w drugiej instancji w sprawach, o których mowa w art. 83 ust. 1 ustawy o KAS;
4. prowadzenie urzędowego sprawdzenia;
5. obejmowanie towarów procedurami celnymi oraz wykonywanie innych czynności przewidzianych przepisami prawa celnego;
6. wymiar należności celnych i podatkowych oraz innych opłat, związanych z przywozem i wywozem towarów;
7. prowadzenie w pierwszej instancji postępowań w sprawach celnych przewidzianych przepisami prawa celnego oraz w sprawach podatkowych związanych z przywozem lub wywozem towarów;
8. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych, zapobieganie tym przestępstwom i wykroczeniom oraz ściganie ich sprawców, w zakresie określonym w Kodeksie karnym skarbowym;
9. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw określonych w ustawie z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości, zapobieganie tym przestępstwom oraz ściganie ich sprawców;
10. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw i wykroczeń określonych w:
    a) art. 53 ustawy z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach,
    b) art. 116-118 ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych,
    c) art. 34a ust. 1 ustawy z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach,
    d) art. 183 § 2 i 4-6, w przypadku czynów, o których mowa w art. 183 § 2, 4 i 5 Kodeksu karnego,
    e) art. 244 Kodeksu karnego, w zakresie niestosowania się do zakazu wstępu do ośrodków gier i uczestnictwa w grach hazardowych,
    f) art. 29a ust. 1 ustawy z dnia 27 czerwca 1997 r. o bibliotekach,
    g) art. 305 ustawy z dnia 30 czerwca 2000 r. - Prawo własności przemysłowej,
    g) art. 33 ust. 1, 2 i 3 ustawy z dnia 29 listopada 2000 r. o obrocie z zagranicą towarami, technologiami i usługami o znaczeniu strategicznym dla bezpieczeństwa państwa, a także dla utrzymania międzynarodowego pokoju i bezpieczeństwa,
    i) art. 12a, art. 13 i art. 14 ustawy z dnia 2 marca 2001 r. o wyrobie alkoholu etylowego oraz wytwarzaniu wyrobów tytoniowych,
    j) art. 109 ustawy z dnia 23 lipca 2003 r. o ochronie zabytków i opiece nad zabytkami,
    k) art. 128, art. 131 pkt 4 w zakresie, o którym mowa w art. 73 ust. 1 pkt 2, oraz art. 131 pkt 10 i 14 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody,
    l) art. 55, art. 57, art. 61 i art. 66 ustawy z dnia 29 lipca 2005 r. o przeciwdziałaniu narkomanii,
    ł) art. 41, art. 43 i art. 44 ustawy z dnia 18 października 2006 r. o wyrobie napojów spirytusowych oraz o rejestracji i ochronie oznaczeń geograficznych napojów spirytusowych,
    m) art. 12 ustawy z dnia 13 kwietnia 2016 r. o bezpieczeństwie obrotu prekursorami materiałów wybuchowych
    -   oraz zapobieganie tym przestępstwom i wykroczeniom, a także ściganie ich sprawców, jeżeli zostały ujawnione przez Służbę Celno-Skarbową;
11. realizacja zadań, o których mowa w art. 2 ust. 1 pkt 15 i 16a ustawy o KAS;
12. wykonywanie czynności, o których mowa w art. 113-117, art. 118 ust. 1-17, art. 120 ust. 1-6, art. 122-126, art. 127 ust. 1-5, art. 127a ust. 1, 2 i 6-12, art. 128 ust. 1, art. 131 ust. 2 i 5 i art. 133 ustawy o KAS;
13. współpraca w zakresie wymiany informacji podatkowych, celnych i finansowych z państwami członkowskimi Unii Europejskiej oraz z państwami trzecimi określonych przepisami prawa międzynarodowego;
14. prowadzenie działalności analitycznej, prognostycznej i badawczej oraz analizy ryzyka dotyczącej zjawisk występujących w obszarze jego właściwości;
15. zapewnianie ochrony fizycznej i technicznej osobom zatrudnionym w jednostkach organizacyjnych KAS oraz funkcjonariuszom, a w uzasadnionych przypadkach także innym osobom, organom i instytucjom państwowym;
16. wykonywanie innych zadań określonych w odrębnych przepisach.

Regulamin organizacyjny określa:

1)  strukturę organizacyjną Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu;
2)  zakres zadań komórek organizacyjnych;
3)  zakres nadzoru sprawowanego przez naczelnika i zastępców naczelnika;
4)  zakres stałych uprawnień – zastępców naczelnika, kierowników działów, kierowników komórek organizacyjnych i innych pracowników obsługujących Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu zatrudnionych lub pełniących służbę na stanowiskach samodzielnych – do wydawania decyzji, podpisywania pism i wyrażania opinii w określonych sprawach.