Zastępca Naczelnika współdziała z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego w wykonywaniu zadań Urzędu Skarbowego oraz organizuje współpracę podległych komórek organizacyjnych.
Zastępca Naczelnika jest odpowiedzialny przed Naczelnikiem Urzędu Skarbowego za prawidłową i terminową realizację zadań w nadzorowanych komórkach organizacyjnych.
Zastępca Naczelnika sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi pionami:
- Pion Kontroli (SZNK);
- Pion Analiz i Czynności Sprawdzających (SZNA).